연구비 간접비, ‘간접비 고시 비율’ 삭감? 국가 연구개발 사업 ‘행정소송 기각’! 과학기술정보통신부 승리! 산학협력단, 연구지원체계평가/위임입법/절차적 위법 주장 ‘모두 기각’! 연구 환경 개선은?
국가 연구개발 사업은
대한민국의 미래를 이끄는 중요한 동력입니다.
그런데 이 연구를 수행하는 기관의
‘간접비’를 둘러싸고
정부와 대학 간에 법적 분쟁이 있었다는 사실,
알고 계셨나요?
오늘, 서울행정법원의 실제 판결문 이야기를 통해
대학이 정부를 상대로 제기한 소송의 내용과
그 판결이 갖는 의미를
자세히 알아보겠습니다.
이 글이 연구기관의 운영과
국가 연구개발 사업의 이해에 도움이 되기를 바랍니다.

이 글에서 얻을 핵심 지식:
- 누구에게 일어난 일? 학교법인 A와 B산학협력단 (원고)이
과학기술정보통신부장관 (피고)을 상대로 소송 제기. - 무엇이 문제였을까? 연구기관 간접비 고시 비율 (5.19%)이
위임 입법 한계를 일탈하고, 평가 과정에
절차적 위법이 있었다는 주장. - 법원 판단은? 원고들의 청구 기각!
(과학기술정보통신부의 손을 들어줌)
이제, 이 흥미로운 행정소송의 전말을 함께 파헤쳐 보겠습니다.

잠시, ‘간접비’가 뭔가요?
우리가 흔히 접하는 ‘연구개발비’는
크게 직접비와 간접비로 나뉩니다.
- 직접비: 연구과제를 수행하는 데 직접적으로 소요되는 비용
(예: 연구원의 인건비, 재료비, 연구 장비 구입비 등) - 간접비: 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용
(예: 연구시설 유지보수비, 행정 인력 인건비, 연구지원 서비스 비용 등)
개별 연구과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용입니다.
정부 연구비는 이 간접비 비율을
고시(공식적으로 발표)하여
각 연구기관이 사용할 수 있는
간접비 한도를 정하게 됩니다.
이 간접비 고시 비율이 낮으면
연구기관 입장에서는 연구 환경 개선이나
지원 인력 확충에 어려움을 겪을 수 있어
매우 민감한 사안입니다.

1. 사건의 배경: 5.19% 간접비율 논란
학교법인 A와 그 소속 B산학협력단은
국가연구개발혁신법에 따른 ‘연구개발기관’으로
국가 연구개발 사업을 수행하는 주체입니다.
과학기술정보통신부장관은
2년마다 비영리기관인 연구개발기관의
간접비 고시 비율을 정하게 되는데,
2024년 2월 29일 개정 고시를 통해
B산학협력단의 간접비 고시 비율을
5.19%로 정했습니다.
이에 대해 학교법인 A와 B산학협력단은
이 5.19% 비율 결정이 위법하다며
행정소송을 제기했습니다.

원고들의 주요 주장: 3가지 위법성
- 1. 위임입법의 한계 일탈:
과학기술정보통신부가 ‘연구지원체계평가 결과가 50점 미만인 대학’에 대해
간접비율을 일괄 5%로 정한 것은,
관련 법령의 위임 범위를 넘어선 위법한 규정이라는 주장. - 2. 충분한 자료 보완 기회 부족:
연구지원체계 평가 과정에서 서면평가와 현장평가가 동시에 이루어져
추가 자료를 보완하여 제출할 기회가 충분히 보장되지 않았다는 주장. - 3. 연구지원 서비스 만족도 조사 제외:
평가 항목 중 ‘연구지원 서비스 만족도 조사’ 항목(10점 배점)을
위법하게 제외하고 0점 처리하여 불이익을 받았다는 주장.
2. 법원의 판단: ‘위법성 없다’고 일축
서울행정법원은 원고들의 주장을 면밀히 검토한 후
과학기술정보통신부의 손을 들어주며
원고들의 청구를 모두 기각했습니다.
판단 1. 위임 입법의 한계는 없었다
법원은 국가연구개발혁신법이 과학기술정보통신부장관에게
연구개발비 계상 및 인정 기준 등에 대해
넓은 재량권을 부여하고 있다고 보았습니다.
특히 간접비는 연구개발 역량을 높이기 위한 지원책의 일환이며,
연구지원체계 평가 결과를 반영하여
5%의 간접비율을 정한 것은
법령의 위임 범위 내에서 타당하다고 판단했습니다.
판단 2. 자료 보완 기회는 충분했다
원고들이 정해진 평가 신청 기간을 지키지 못해
뒤늦게 추가 신속평가를 요청한 점,
피고가 ‘서면평가와 현장평가를 동시에 실시’할 것을
사전에 고지했고 원고들이 이에 대해
별다른 이의를 제기하지 않았던 점,
그리고 평가에 필요한 자료 제출이
기본적으로 연구기관 스스로의 몫인 점 등을 고려하여
절차적 위법은 없다고 보았습니다.
(원고 측 직원이 평가 안내 이메일을
휴직 중이어서 확인하지 못했다는 주장은
피고의 전산 기록상 이메일을 열람했고,
나중에 담당자도 내용을 인지했다고 밝혔다는 점 등으로
인정되지 않았습니다.)
판단 3. 만족도 조사 제외는 위법이 아니었다
법원은 국가연구개발혁신법이
연구지원체계 평가 항목으로 ‘소속 연구자의 만족도’를
‘포함할 수 있다’고 규정할 뿐,
반드시 포함해야 한다고 강제하지는 않는다고 해석했습니다.
또한 추가 신속평가 일정상
만족도 조사를 실시하기 어려웠던
현실적인 사정도 고려하여
해당 항목을 제외한 것에 위법이 없다고 판단했습니다.

3. 이번 판결의 의미와 시사점
이번 판결은 국가 연구개발 사업에서
정부의 넓은 재량권과
연구기관의 철저한 법규 준수 의무를
다시 한번 강조했습니다.
- 행정청의 재량권:
법원은 연구개발기관의 간접비 고시 비율 설정과 평가 과정에서
과학기술정보통신부장관에게 넓은 재량권이 있음을 인정했습니다. - 기관의 책임과 준수 의무:
연구기관은 평가 신청 기한 준수, 자료 제출 책임 등
행정 절차에 대한 철저한 이해와 준수가 필수적임을 보여주었습니다. - 소송 비용 부담:
패소한 원고들이 소송 비용을 부담하게 되어,
행정소송 제기 시 신중한 법리 검토의 중요성을 일깨워 줍니다.
마무리하며
국가 연구개발 사업은
막대한 국민 세금이 투입되는 만큼
투명하고 효율적인 운영이 중요합니다.
이번 판결이
연구기관과 정부 당국 모두에게
더 나은 연구 환경을 조성하고
갈등을 최소화하는 계기가 되기를 바랍니다.
혹시 더 궁금한 점이 있다면,
편하게 댓글로 남겨주세요!
(본 글은 법률 자문이 아니며, 정보 공유 목적으로 작성되었습니다.)
이 내용은 서울행정법원 2024구합68446 판결을 참고하여 재구성했습니다.
알아두면 좋은 용어 풀이
여기 나오는 몇 가지 어려운 용어, 쉽게 설명해 드릴게요.
- 간접비: 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 들어가는 비용. 직접 연구에 쓰이는 비용(직접비)과는 구분됩니다.
- 고시비율: 정부가 법적 근거에 따라 공식적으로 정하여 발표하는 비율. 이 비율만큼 간접비를 사용할 수 있도록 허용합니다.
- 연구지원체계평가: 연구개발기관이 연구지원 시스템을 얼마나 잘 구축하고 운영하는지 정부가 평가하는 제도. 이 평가 결과가 간접비 비율 산정에 반영될 수 있습니다.
- 위임입법: 국회에서 만든 법률이 행정부(정부)에 특정 사항을 구체적으로 정할 수 있도록 권한을 위임하는 것. ‘위임입법의 한계 일탈’은 위임받은 범위를 넘어서는 규정을 만들었다는 의미입니다.
- 행정처분: 행정기관이 특정 개인이나 단체에 대해 구체적인 권리나 의무에 직접 영향을 미치는 공법적 행위. 간접비 고시 비율 결정도 행정처분에 해당할 수 있습니다.
- 기각: 법원이 소송이나 청구 내용이 이유 없다고 보아 이를 받아들이지 않는 판결.
- 소송비용 부담: 소송에서 패소한 측이 소송 과정에서 발생한 비용(인지대, 송달료, 변호사 보수 등)을 부담하는 것.
- 판결문: 법원에서 재판 결과를 공식적으로 적어 놓은 문서예요.
#간접비 #연구개발비 #행정소송 #과학기술정보통신부 #연구기관 #대학연구 #연구비관리 #행정법원 #법률상식 #고시 #평가시스템